Game ini terdiri atas 3 arc. Semua kesan moe dan inosen game ini lenyap jadi abu setelah arc 1 diakhiri oleh bunuh dirinya Sayori, yang ternyata mengidap depresi akut. Memasuki arc kedua, kalian akan mengulang lagi game dari awal dengan banyak perubahan, yang sebagian di antaranya cukup terasa creepy. Arc ini juga adalah tempat dipaparkannya beberapa fakta yang sebelumnya hanya disinggung secara halus di arc pertama, seperti bahwa Natsuki sering disiksa oleh ayahnya, dan Yuri memiliki kecenderungan masokistik suka melukai diri sendiri dengan pisau.

Mulai dari titik ini, game ini menghapus semua save game kalian di arc 1, sekaligus juga akan memunculkan beberapa file pendukung cerita yang hanya bisa dilihat melalui file explorer komputer kalian, sehingga kalian harus sering-sering memeriksa folder file tempat kalian meng-install game ini.

Memasuki arc kedua, gambar pembuka game ini akan mengalami glitch, hal yang akan sering terjadi sepanjang arc ini. Selain itu, di tengah-tengah permainan, musik latar yang meniringi permainan juga akan sering menjadi sumbang, yang menambah atmosfir creepy game ini.

Selain itu, teks di dalam game juga akan sering berubah menjadi tulisan yang terlihat seperti eror, salah satu di antaranya bahkan memiliki panjang beratus-ratus baris, yang baru akan terbaca seluruhnya setelah 2 hari di dalam game berlalu…sambil melihat jenazah Yuri yang bunuh diri dengan pisau di depan kalian, mengakhiri arc kedua.

Arc ketiga adalah arc yang menjadikan Monika buah bibir netizen, karena di arc ketiga (dan kedua) , Monika yang nampak sebagai gadis ideal memperlihatkan sosok aslinya sebagai obsessive girlfriend yang bisa menyaingi Yuno Gasai dari Mirai Nikki, hal yang sebenarnya sudah digambarkan secara tidak langsung melalui tagline game ini, dan perkenalan game ini di website resminya yang dilakukan oleh Monika sendiri.

Arc ketiga adalah arc yang cukup membingungkan bagi mereka yang biasa memainkan VN konvensional, karena di arc ini, selain memiliki unsur breaking the 4^th wall, di mana tokoh dalam game tidak berinteraksi dengan karakter kalian dalam game, melainkan kalian sebagai pemain. Selain itu, banyak hal yang harus dilakukan oleh pemain, yang bersifat meta alias berada di luar game, seperti misalnya menutup dan membuka aplikasi game berkali-kali, bahkan menghapus file tertentu untuk melanjutkan cerita.

Namun, secara pribadi penulis menyukai arc ketiga ini, karena di sini beberapa kali Monika berbicara mengenai depresi yang dialami oleh Sayori, dan meng-advokasi bahwa depresi adalah penyakit kejiwaan yang nyata dan sulit dilihat, dan bahkan seringkali dapat dengan mudah ditutupi penderitanya melalui topeng senyum dan kecerah-ceriaan sikapnya.

-------------------------------------------------------Batas akhir spoiler--------------------------------------------------------