Kuil ini dibangun oleh Saicho, seorang biksu kenamaan Kyoto yang mengenalkan aliran Sendai dari China. Pembangunan kuil ini didukung oleh kaisar Jepang kala itu yang bernama Kaisar Kammu.
Sayangnya pada tahun 1571 Oda Nobunaga membakar kuil ini. Ada dua versi kenapa Oda Nobunaga membakar kuil ini. Pertama pada masa itu banyak biksu Enryaku-ji yang sesaat sehingga membuat Oda nobunaga marah.
Kedua Oda Nobunaga membakar kuil ini untuk membumihanguskan semua orang yang menentang kekuasaannya tak peduli wanita, anak-anak bahkan pendetanya pun ikut terbunuh di kuil Enryaku-ji ini, tercatat ada sekitar 4000 nyawa yang terbunuh dalam peristiwa ini. Itulah sebabnya Oda Nobunaga mendapat julukan "Si Raja Iblis".
Kuil ini direkonstruksi ulang pada tahun 1987. Pada masa kejayannya kuil ini membawahi sekitar 3000 sub kuil dan juga memilik pasukan biksu yang sangat disegani pada masanya.
Bangunan ini terdiri dari beberapa bangunan yang terpisah yang berpusat di tiga titik. dan membentuk sebuah kluster. Di bagian timur ada Todo, di bagian barat ada Saiko dan Yokawa
Todo dikenal sebagai tempat bangunan-bangunan penting di kuil ini, dan ada dua bangunan yang digunakan sebagai tempat berlatihnya para biksu yaitu Dai Ko-do dan Kokuho-den.