Makanan Jepang tidak menggunakan bumbu rempah dari biji-bijian seperti merica atau penyedap yang mengandung biji seperti cabai yang harus ditumbuk. Masakan Jepang juga tidak menggunakan bumbu berbau tajam seperti bawang putih. Kacang kedelai merupakan bahan utama makanan olahan dan penyedap yang digunakan biasanya berupa sayuran beraroma harum yang dipotong-potong halus atau diparut. Bumbu asli masakan Jepang meliputi mirin, shoyu, hondashi (penyedap dari ikan), dan vinegar. Umumnya terdapat lima bumbu utama yang harus dimasukkan secara berturutan sesuai urutan sa-shi-su-se-so yang merupakan singkatan dari gula pasir (sato), garam (shio), cuka (su), shoyu (seuyu: ejaan zaman dulu untuk shoyu), dan miso (miso). Menariknya, sesuai dengan peraturan sa-shisu-se-so, gula pasir adalah bumbu yang dimasukkan pertama kali, diikuti garam, cuka, kecap asin, dan miso. Selain bumbu utama tersebut, ada pula sogayaki dengan bumbu jahe dan manisan jahe. Sake yang merupakan istilah umum untuk minuman beralkohol khas Jepang juga adakalanya ditambahkan dalam masakan. Kandungan alkoholnya maksimum 20 persen. Minuman yang dikenal sebagai rice wine ini memiliki aroma khas, dengan rasa sedikit asam dan manis. Jenis rice wine lain yang lebih sering ditambahkan sebagai bumbu masakan Jepang adalah mirin. Rasanya lebih manis dengan kandungan alkohol lebih rendah. Mirin juga digunakan sebagai teman menyantap sushi. Pada pembuatan saus teriyaki dan saus tempura, mirin dapat diganti dengan campuran sake dan gula dengan perbandingan 3:1.